Sebagai perwakilan pemerintah pusat di tingkat lokal, Pemerintah Kabupaten Kudus menjalankan roda pemerintahan bersama dengan Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (DPRD) Kabupaten Kudus.
Roda pemerintahan dijalankan dengan prinsip otonomi seluas-luasnya dalam sistem dan prinsip Negara Kesatuan Republik Indonesia.Penyelenggaraan pemerintahan bertujuan untuk melindungi, melayani, memberdayakan, dan menyejahterakan rakyat Jakarta seutuhnya. Secara spesifik, tugas dan fungsi dari Organisasi Perangkat Daerah di Kabupaten Kudus tertuang dalam Peraturan Daerah Kabupaten Kudus Nomor 8 Tahun 2024 Tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Daerah Nomor 3 Tahun 2016 Tentang Pembentukan Dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Kudus.